対照的な全体

遺伝 (2023)この記事を引用

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ゲノムは種の適応と人口統計の歴史を捉えますが、配列決定戦略とサンプルサイズの選択はそのような推論に影響を与える可能性があります。 私たちは、北米シロイワヤギ (Oreamnos americanus) の個体数統計と適応シグナルを研究するために、全ゲノムと縮小表現配列決定アプローチを比較しました。 制限部位関連 DNA シーケンス (RADseq) アプローチを 254 人の個体に適用し、全ゲノム再シーケンス (WGS) アプローチを中レベルのカバレッジ (9 倍) で種範囲全体の 35 人の個体に適用し、高レベルのカバレッジ (30 倍) で 5 人の個体に適用しました。 ANGSD を使用して遺伝子型の尤度を推定し、有効集団サイズ (Ne)、集団構造を推定し、δaδi と MSMC2 を使用して人口統計履歴を明示的にモデル化しました。 データセットは、シロイワヤギにおける氷河誘発性の悪変と極度に低い Ne を裏付ける点で全体的に一致していた。 私たちは、冗長性分析を使用して、遺伝的多様性の予測因子として一連の気候変数と地理的位置を評価しました。 総分散の中程度の割合（WGS の場合は 36%、RADseq データセットの場合は 21%）は、地理および気候の変数によって説明されます。 どちらのデータセットも、ドリフトの大きな影響とある程度の局所的な適応をサポートしています。 ここで提示した WGS と RADseq の経験的な類似点は、両方のアプローチが集団内の大規模な人口統計および適応シグナルを回復することを確実に示唆しています。 ただし、WGS には、適応プロセスの推論やホモ接合性ランの推定値の計算など、RADseq に比べていくつかの利点があります。 予測される気候による高山環境の変化や、遺伝子的に機能不全に陥ったシロイワヤギを考慮すると、この謎に満ちた種の長期的な適応能力には疑問があります。

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生の DNA 配列データは、アクセッション番号 PRJNA510081、PRJNA909333、PRJNA909334 で SRA に寄託されています。

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